Недостатъците на интернет банкирането пред традиционното банкиране се изразяват най-вече в липсата на физическо лице на място (което да асистира и помогне за работа с продукта), пониженото доверие от страна на клиенти, както и въпросителните откъм сигурността на банкирането.
На потребителя се предлага копие на визуалния изглед на страницата на банковата институция. Често дори и URL адреса наподобява този на банката. Понякога дори се използват и истински сертификати за да се заблуди потребителя, че е в криптирана връзка със банковия софтуер. Потребителя въвежда своите данни, като по тази начин ги предоставя на трето лице.
Банките се предпазват по няколко начина - на първо място, само пасивно банкиране е разрешено единствено с потребителско име и парола. За извършване на активни финансови трансакции, като преводи на суми, се изисква или сертификат, който се издава за съответното персонално изчислително устройство (компютър, телефон, таблет и т.н.). По този начин дори и да имат данните, външни лица не могат да правят активни финансови трансакции.
На второ място, за всяка активна финансова трансакция банковия софтуер изисква код, който изпраща на SMS на мобилния телефон на потребителя. Потребителя трябва да получи кода на телефона си, да го види, да го въведе, за да може да извърши съответната активна банкова операция.
Доста сложна, но и изключително опасна атака, най-вече защото клиента на банката обикновено не разбира, че е бил атакуван. Атаката се състои в това хакер да се включи в интернет мрежата между клиента и банковия сървър, симулирайки банковия сървър пред клиента и действайки като прокси. Ако успее да 'хване' SSL ръкохватката, може да прочете цялата информация, разменяна между клиента и банковия софтуер, както и да подмени елементи от потока на информация, заблуждавайки клиента, сървъра, или и двете страни.
Банките се предпазват от това като за активни банкови трансакции изискват или сертификат, или уникален код, генериран от dongle. При добавянето на кода или сертификата, с който се подписва съобщението, слушащият 'човек в средата' не може да променя съобщенията, защото ще бъдат засечени като невалидни от една от двете страни и няма да бъдат изпълнени.
Това е най-голямата опасност за клиентите на онлайн банкирането. Браузърите често кешират данните за вход, а инсталираният сертификат е напълно валиден за компютъра и съответно новите му собственици. По този начин те могат спокойно да достъпят онлайн банкирането на клиента, чийто персонално изчислително устройство са иззели.
Банките се предпазват от това с чрез механизма 'SMS код', описан по-горе.